Avengers: Secret Wars comienza con el multiverso sumido en el caos tras los acontecimientos de Avengers: The Kang Dynasty. Varias realidades se están derrumbando entre sí debido a las acciones imprudentes de Kang el Conquistador y la inestabilidad del multiverso. La Tierra-616, el universo principal, está ahora al borde de fusionarse con varias dimensiones alternativas, incluidas realidades en las que los héroes y los villanos tienen destinos muy diferentes. Los héroes, dispersos por el multiverso, deben encontrar una forma de detener este evento cataclísmico antes de que se destruyan todas las realidades.
La historia comienza con el Doctor Strange (Benedict Cumberbatch) detectando una perturbación en el multiverso, lo que lo lleva a un ser misterioso y omnipotente conocido como Beyonder, una entidad parecida a un dios que tiene el poder de remodelar la realidad misma. Beyonder, fascinado por los diversos conflictos multiversales, crea un nuevo campo de batalla: Battleworld, un planeta de retazos compuesto por diferentes fragmentos de universos de todo el multiverso. Beyonder secuestra a héroes y villanos, obligándolos a una guerra épica por la supervivencia en este mundo.
Vemos el regreso de rostros familiares del Universo Cinematográfico de Marvel: Spider-Man (Tom Holland), Thor (Chris Hemsworth), Captain Marvel (Brie Larson) y la recientemente regresada Pantera Negra (Shuri, interpretada por Letitia Wright). Junto a ellos, surgen nuevos rostros del multiverso, incluidas variantes de personajes queridos, en particular una versión alternativa más joven de Tony Stark/Iron Man (se rumorea que será interpretado por Robert Downey Jr. en un regreso multiversal sorpresa).
Mientras los Vengadores se reúnen en Battleworld, descubren rápidamente que lo que está en juego es mucho más importante de lo que creían inicialmente. El verdadero objetivo de Beyonder es poner a prueba la moralidad y la fuerza de los campeones de cada universo, con la intención de destruir los universos cuyos campeones fracasen. Los villanos están liderados por el Doctor Doom (interpretado potencialmente por un nuevo actor, del que se rumorea que será el próximo gran villano del MCU), que ve esto como su oportunidad de hacerse con el poder máximo.
En el corazón de Battleworld, se forman alianzas, se reavivan las rivalidades y se desatan traiciones mientras héroes y villanos luchan por sobrevivir. En un giro impactante, Kang el Conquistador (Jonathan Majors) regresa, pero no como el villano; esta vez, ofrece a los Vengadores una alianza desesperada para evitar que Beyonder destruya el multiverso.
El avance termina con una siniestra toma de Battleworld envuelta en el caos, preparando el escenario para una guerra multiversal que cambiará el destino del MCU para siempre.